幾多の苦難を乗り越え、ようやくアトラス星系へと到達した
宇宙調査団「スターリンク・イニシアティブ」

悲願成就に意気上がる乗組員達であったが
突如として姿を現した謎のカルト集団により
旗艦「エキノックス」は激しい攻撃に晒されてしまう。

激しい戦闘の末、
敵に連れ去られてしまう指揮官「セントグラント」
そして機関部のコアパーツを奪われてしまったエキノックスは
近隣惑星の重力に囚われ、その惑星への不時着を余儀なくされる。

指揮官の不在、旗艦の機能不全。
人類未踏の地で陥った非常事態により暗く沈む団員達。

そんな中、『スターリンクシステム』の開発者であり
チームの新メンバーでもある「メイソン・ラナ」が
連れ去られてしまった隊長を救うべく立ち上がる。

敵の手から隊長を取り戻すために
星系内の各勢力から協力を仰ぎつつ
アトラスの宇宙と惑星を奔走するメイソン達。

そして、銀河彼方での冒険はやがて、
全宇宙の平和を守る戦いへと繋がって行く。