アメリカ国家安全保障局の秘密部隊「サードエシュロン」のエージェントであったサム・フィッシャーは、組織から離れ、単独で娘サラの死亡原因を調査していた。
調査の過程で容疑者の手掛かりがマルタ島にある事をつかんだサムは、マルタ島へと向かう。
この地で彼は、かつて自分が信じ属していた組織「サードエシュロン」が、娘の死にかかわりを持っているらしいという疑いを抱くに至った。
衝撃を受けるサムのもとを、突如サードエシュロンの工作員が急襲する。
彼らによってワシントンD.C.に連行されたサムは、かつての同僚グリムから驚くべき情報と、倒すべき敵の正体を聞く。
サム・フィッシャーはもう、個性を殺し、ただ与えられた任務を忠実に遂行する、秘密エージェントではない。
過去に信じた組織、強大な敵に、サムは「一人の男」として立ち向かうのだ——。
過去の真相を突き止めるため、サムはかつて所属した組織と対峙する……。
高まる緊張とテロリズムの恐怖に立ち向かうため、アメリカ国家安全保障局の内部に極秘で設立された組織。
新時代の情報技術に対応した、特殊部隊でも最強のトップエージェントで構成されている。
合衆国の安全にかかわる情報が従来の手段で獲得できない場合、物理的手段に訴えるのもサードエシュロンの任務となる。それを担うのが、合衆国政府が決してその存在を認めることのない部隊、「スプリンターセル」である。彼らは単独の特殊工作員から構成され、それぞれが遠隔支援を受けて活動を行う。ガラスの破片のように、鋭く、小さく、捉えがたいことがその名の由来である。