最愛の娘サラを事故で失ったサム・フィッシャーは、失意のままサードエシュロンから姿を消した。その後、彼は重要指名手配犯として当局に追われる身となっていた。NSAの調査により、彼がテロ組織JBAに荷担していたことが明らかになったのである。
サラが眠るニューオーリンズの墓地で、NSAはサムの拘束に成功する。サムがJBAのテロに加わった動機を調べるため、NSA職員たちは彼を尋問し、その経歴を洗っていった。尋問を受けるなかで、サムは過去の出来事を思い返していく。サードエシュロン加入前の海軍時代、サードエシュロンのエージェントとして活躍した事件、そしてJBAへ潜入した『二重スパイ』の事件。
サムの思い返した出来事とNSAの記録には、大きな隔たりがあった。サードエシュロンの司令官代理ローレンス・ウィリアムズが、サムを陥れるために、JBAへの潜入任務のデータを消去し、それ以外の記録も改ざんしていたのだ。捜査員のスキをついて脱出したサムは、ウィリアムズの部屋に侵入し、陰謀の証拠となるディスクを盗み出す。
そして、彼はふたたび闇へと消えた──。
本作では『二重スパイ』と『コンヴィクション』の間のストーリーが描かれ、サムがサードエシュロンから姿を消した経緯を、詳しく知ることができます。また、サードエシュロンに加入する前の、サムの過去を体験できるミッションも用意されています。
※『SPLINTER CELL ESSENTIALS』は日本未発売です。