2007年、北朝鮮のたび重なる示威行動により、東アジアは緊迫した情勢にあった。日本はこれに対応すべく「I-SDF(自衛隊統合情報部)」を創設するが、北朝鮮、韓国、中国がこれに反発し、周辺地域には一触即発の空気が張り詰めていた。
時を同じくして、アメリカ人技術者フルース・モルゲンホルトが、ペルーの反政府ゲリラ「人民の声」に誘拐される事件が発生。モルゲンホルトの技術をゲリラの手から守るべく、NSAはサム・フィッシャーの派遣を決定した。
だが、サムがペルーに到着したとき、モルゲンホルトは拷問により息絶えていた。モルゲンホルトはグルジアの技術者が開発した暗号化技術の情報を持っており、それを手に入れようとした何者かが「人民の声」を雇ったのだ。
依頼人について調べた結果、モルゲンホルトの元同僚アブラヒム・ゼルケージの存在が浮上する。しかし、ゼルケージはサムの元戦友シェットランドが経営する民間軍事会社の護衛を受けていた──。
シリーズ第3作となる本作の特徴は、豊富なアクション。窓のそばにいる敵を外から引きずり落としたり、遠くから物体のスキャンやコンピュータのハッキングができるなど、状況に合わせてさまざまなアクションを活用可能です。