アメリカへの情報漏洩対策として、世界各国でデジタル暗号化技術の開発が進められていた。NSA(アメリカ国家安全保障局)はこれに対抗すべく、最新技術を用いて情報を収集する特殊部隊「サードエシュロン」を編成する。
2001年、旧ソ連グルジア共和国で自爆テロを端緒とするクーデターが発生。このクーデターにより新大統領に就いたニコラーゼは西側諸国と友好的な関係を築くことを宣言し、未来を見据えた政治家として賞賛を集めた。
ニコラーゼ政権発足後から数カ月後、グルジアに潜入していたCIA(アメリカ中央情報局)は、サードエシュロンに事件の調査を依頼した。事件の情報を集める使命を受け、NSAのエージェント、サム・フィッシャーがグルジアに渡る。しかし、調査を依頼してきたCIAの捜査官たちは、すでに殺害されたあとであった。
サムが調査を進めていくうちに、グルジア軍がアゼルバイジャンに侵攻し、虐殺を行っていたことが判明する。だが、黒幕のニコラーゼは姿をくらまし、行方はようとして知れなかった──。
本作で登場したガジェットや銃器、ステルスシステムなどは以降のシリーズでも定番となっています。たとえば、サムが任務中に使うスティッキーカメラやグレネードといった装備は、『コンヴィクション』にも引き続き登場しています。