産業革命の幕開けとともに、驚異的な発明の数々が、人々の生活に大きな変化をもたらしていた。今や世界を統べるものは、王や皇帝、政治家や宗教家ではない。新たな、そしてより根源的なものがそれらに取って代わった——金だ。資本主義経済の時代が到来したのである。
産業革命はイギリス帝国発展の原動力となったものの、同時に貧富の差をもたらした。利益を得ていた者はほんのわずかであり、大半の労働者たちは奴隷同然の生活を強いられていたのだ。

貧困に苦しむ下層階級の一部は暗黒街に身を移し、「ギャング」と呼ばれる徒党を組むに至った。ロンドンに蔓延する抑圧を打ち破るため、ギャングたちは旧来のロンドンの支配者層に挑戦する。この戦いの陰には、近代史において幾度となく繰り返されてきたように、アサシン教団の姿があった。
アサシンであるジェイコブ・フライは、双子の姉エヴィーとともに、数百万もの労働者たちの運命を変えるべくロンドンの闇を暗躍する。アサシンの信条のもとに、この陰謀と暴力に満ちた世界を打ち破るのだ。