18世紀。北アメリカにはイギリスによって13 の植民地が形成され、先住民であるインディアンは自由を奪われた生活を送っていた。

植民地支配や少数民族に対する迫害を受けて育ったコナーは、不当な仕打ちや、世界にはびこる不正を無くしていく事を決意する。

時を同じくして、イギリスの支配にあった13の植民地が、独立を掛けた戦いを始めた。これが『アメリカ独立戦争』と呼ばれる戦いである。

同胞たちのため、自由のため、自らの正義のため……コナーはさまざまな思いを胸に、戦争に参加することを決意する。